新冠肺炎确诊者多数会在两周内，从急性感染中康复，但病毒的一部分并不会立刻从确诊者体内消失，现在一项针对住院患者的大型研究表明，确诊者在新冠主要症状消失后的数周到数月内，部分患者仍会携带残余病毒。研究显示，当新冠病毒在人体内停留超过 14 天，那确诊者的病情可能会加重，出现精神错乱，或是延长住院时间，甚至与那些迅速清除病毒的患者比较，死亡风险更高，据估计，美国现在就有 770 万到 2,300 万人受到新冠长期症状的影响，而这样的新冠长期症状又被称为「长新冠」。

确诊者若没有接种疫苗，或之前感染带来的免疫力，那新冠病毒就会在全身复制，并通过鼻子、嘴和肠道传播，但大部分被感染的确诊者，体内的病毒在最初感染的 3 到 6 天达到高峰，而免疫系统会在 10 天内清除病原体，这段时间之后排出的病毒，基本不具有传染性。